نماد اعتماد
نماد اعتماد
فناوری TAM-ChIP* Active Motif یک روش ایمونوفلوپیتاسیون کروماتین (ChIP) قوی است که هدف‌گیری پروتئین مبتنی بر آنتی‌بادی از چیپ و آماده‌سازی کتابخانه توالی‌یابی نسل بعدی (NGS) را در یک مرحله ترکیب می‌کند.
TAM-ChIP از ویژگی یک آنتی بادی تایید شده با ChiP-seq برای هدف قرار دادن مکان های اتصال هیستون یا فاکتور رونویسی و یک آنتی بادی ضد گونه TAM-ChIP در ترکیب با یک ترانسپوزاز TsTn5 منحصر به فرد استفاده می کند تا توالی های آداپتور بارکد را مستقیماً به کروماتین اطراف اتصال منتقل کند.
سایت. این توالی های آداپتور برای تقویت کتابخانه و توالی یابی با استفاده از پلتفرم های Illumina® ضروری هستند.
با گنجاندن آماده سازی کتابخانه در واکنش تراشه، از از دست دادن نمونه که معمولاً با مراحل متعدد تعمیر انتهایی و بستن روش های آماده سازی کتابخانه سنتی مرتبط است، جلوگیری می کنید.
محصولات TAM-ChIP از فناوری Transposase Directed استفاده می کنند و توسط US Pat پوشش داده می شوند. شماره 9,938,524 & 10,689,643; EP Pat. شماره های 2783001 و 2999784 و پتنت ها و برنامه های کاربردی مرتبط
برچسب‌گذاری DNA با استفاده از ترانسپوزاز TsTn5 به تکه تکه شدن کروماتین کمک می‌کند و وضوح بالاتری در مکان‌های اتصال پروتئین ایجاد می‌کند.
ویدئویی که فناوری TAM-ChIP را نشان می دهد.
برای انجام TAM-ChIP به یک آنتی بادی تایید شده با تراشه و ترکیب مناسب ضد گونه TAM-ChIP نیاز دارید. معرفهای سنجش TAM-ChIP معتبر نیز در دسترس هستند. برای کسب اطلاعات بیشتر در مورد TAM-ChIP، لطفاً برگه های Method یا Data را در زیر انتخاب کنید.
برای دانلود یک نسخه از راهنما یا برگه های داده، لطفاً برگه اسناد را انتخاب کنید.
به یک متخصص سنجش تراشه تبدیل شوید
این محصول در حال حاضر در دسترس نیست.
خرید سرور اچ پی
راهنمای TAM-ChIP Assay Reagents
TAM-ChIP چگونه کار می کند؟
TAM-ChIP برای انجام هدف‌گیری ژنومی مبتنی بر آنتی‌بادی و آماده‌سازی کتابخانه NGS به طور همزمان طراحی شده است. ابتدا سلول های دست نخورده با فرمالدئید تثبیت می شوند که برهمکنش های پروتئین/DNA را به هم متصل می کند و حفظ می کند.
سپس DNA با استفاده از فراصوت به قطعات کوچک برش داده می شود و با آنتی بادی که علیه پروتئین متصل به DNA مورد نظر قرار می گیرد، انکوبه می شود. سپس، یک مزدوج آنتی بادی TAM-ChIP مخصوص گونه حاوی آداپتورهای توالی یابی سازگار با Illumina برای اتصال آنتی بادی تراشه اضافه می شود.
فعال سازی ترانسپوزاز منحصر به فرد TsTn5، DNA مجاور اطراف ناحیه ژنومی مورد نظر را قطع می کند و آداپتورهای مرتبط با آنتی بادی را در توالی DNA می چسباند.
کمپلکس‌های پروتئین/DNA متصل به آنتی‌بادی از طریق استفاده از دانه‌های آگارز پروتئین G رسوب ایمنی می‌شوند و برای حذف DNA غیر اختصاصی شسته می‌شوند. پس از رسوب ایمنی، پیوندهای متقابل معکوس می شوند، پروتئین ها توسط پروتئیناز K حذف می شوند و DNA بازیابی و خالص می شود. DNA غنی شده با تراشه اکنون برای تقویت کتابخانه و تعیین توالی آماده است.
TAM-ChIP هدف قرار دادن پروتئین هدایت شده توسط آنتی بادی و تولید کتابخانه را ترکیب می کند.
با ترکیب آماده سازی کتابخانه نسل بعدی در واکنش تراشه، TAM-ChIP از دست دادن نمونه را به حداقل می رساند. روش‌های سنتی برای آماده‌سازی کتابخانه‌های ChIP-Seq شامل یک سری مراحل پردازش برای پایان دادن به تعمیر DNA و بستن آداپتورهای توالی‌یابی است.
این فرآیند چند مرحله ای اغلب می تواند منجر به از دست دادن قابل توجه مواد نمونه شود. یکی دیگر از مزایای TAM-ChIP گنجاندن بارکدهای تصادفی در توالی آداپتور است.
این امر امکان تمایز تکرارهای PCR از تکرارهای بیولوژیکی را در طول تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک برای افزایش تعداد ترازهای منحصر به فرد فراهم می کند.
TAM-ChIP یک فرآیند چند مرحله ای است که شامل مونتاژ ترانسپوزاز TsTn5 منحصر به فرد به مزدوج آنتی بادی ثانویه و یک الیگونوکلئوتید، قبل از رسوب ایمنی (A) است. ترکیب آنتی بادی ضد گونه TAM-ChIP حاوی یک اولیگونوکلئوتید تک رشته ای است که از شاخص آنتی بادی i5 برای توالی یابی نسل بعدی تشکیل شده است.
هر آنتی بادی ضد گونه دارای شاخص i5 خاص خود است تا ترکیبات ضد خرگوش و ضد موش TAM-ChIP را در یک واکنش توالی یابی یکسان انجام دهد. هنگامی که ترکیب آنتی بادی با یک اولیگونوکلئوتید pMENTS تک رشته ای ترکیب می شود، توالی های مکمل آنیل می شوند تا یک توالی تشخیص دو رشته ای برای ترانسپوزاز TsTn5 ایجاد کنند.
این فرآیند ترانسپوزاز غیرفعال شده را روی مزدوج آنتی بادی بارگذاری می کند. در همان تی
در همان لحظه، یک اولیگونوکلئوتید تک رشته‌ای نیز به pMENTS آنیل شده و با ترانسپوزاز غیرفعال بارگذاری می‌شود.
در طول رسوب ایمنی (B)، آنتی بادی مورد نظر تایید شده توسط تراشه با کروماتین سونیک شده ترکیب شده و یک شبه انکوبه می شود. روز بعد، مزدوج آنتی بادی TAM-ChIP مونتاژ شده به واکنش رسوب ایمنی اضافه می شود. پس از یک ساعت انکوباسیون، دانه های پروتئین G آگارز برای گرفتن قطعات کروماتین مورد نظر اضافه می شود.
سپس هر واکنش تراشه بر روی یک ستون فیلتراسیون تراشه بارگذاری می شود و الیگونوکلئوتید مونتاژ شده با ترانسپوزاز به ستون اضافه می شود. سپس ترانسپوزاز TsTn5 فعال می شود تا شاخص آنتی بادی i5 و توالی الیگونوکلئوتیدی را در ناحیه ژنومی اطراف پروتئین مورد نظر وارد کند.
پس از شستشو، شستشو، درمان با پروتئیناز K، معکوس کردن پیوندهای متقابل و خالص سازی DNA، کتابخانه تراشه برای تقویت آماده است.
کتابخانه TAM-ChIP با PCR قبل از توالی یابی (C) تقویت می شود. در طی PCR، رشته دوم الگوی DNA گسترش می یابد.
سپس، شاخص i7 TAM-ChIP که شامل بارکد نمونه 3 جفت باز و شناسه مولکولی تصادفی 8 جفت باز (MID) برای حذف تکراری PCR است، در قالب گنجانده شده است.
چرخه های PCR اضافی کل قالب را با استفاده از مخلوط پرایمر تقویت کننده تقویت می کنند. کتابخانه ها با استفاده از پلتفرم های Illumina® با اندازه انتخاب و ترتیب بندی می شوند.
از واکنشگرهای سنجش TAM-ChIP Active Motif برای انجام TAM-ChIP با 10 میکروگرم کروماتین از سلول‌های MCF-7 استفاده شد. آنتی بادی برای هدف قرار دادن پروتئین عایق CTCF (4 میکروگرم) و هیستون H3K4me3 (4 میکروگرم) در ترکیب با 4 میکروگرم TAM-ChIP مزدوج ضد خرگوش استفاده شد.
کتابخانه ها با استفاده از Illumina NextSeq 500 با PCR تکثیر و توالی یابی شدند. پیک های ChiP-Seq با مجموعه داده های ENCODE موجود در مرورگر ژنوم UCSC مقایسه شدند. نتایج تکرارپذیری بین تکرارها و پیک‌ها را نشان می‌دهد که با مجموعه داده‌های منتشر شده سازگار است.
